Trải qua 65 năm xây dựng và phát triển, Viện Khoa học Thủy lợi Việt Nam luôn đồng hành cùng sự phát triển của đất nước nói chung, phục vụ phát triển nông nghiệp và nông thôn nói riêng. Các sản phẩm khoa học và công nghệ của Viện luôn đáp ứng tốt các yêu cầu của thực tiễn, phục vụ hiệu quả cho công tác quản lý, điều hành của các cơ quan quản lý. Những nỗ lực của Viện trong 65 năm qua đã được Đảng và Nhà nước ghi nhận bằng các phần thưởng cao quý: Huân chương Độc lập hạng Nhất, Nhì, Ba; Huân chương Lao động hạng Nhất, Nhì, Ba; Danh hiệu Anh hùng lao động trong thời kỳ đổi mới năm 1999, đặc biệt là Huân chương Hồ Chí Minh năm 2019.