Ngày 14.6.2016, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 54/2016/NĐ-CP quy định cơ chế tự chủ của tổ chức KH&CN công lập. Nghị định gồm 3 Chương với 19 Điều. Ngoài Những quy định chung (Chương I, từ Điều 1 đến Điều 7) và Tổ chức thực hiện (Chương III, từ Điều 15 đến Điều 19) là các quy định cụ thể về quyền tự chủ của tổ chức KH&CN công lập: tự chủ về tài chính của tổ chức KH&CN công lập tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư, của tổ chức KH&CN công lập tự bảo đảm chi thường xuyên (Điều 8, Chương II); tự chủ về tài chính đối với tổ chức KH&CN công lập tự bảo đảm một phần chi thường xuyên và tổ chức KH&CN công lập do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên (Điều 9, Chương II); tự chủ về thực nhiện nhiệm vụ (Điều 10, Chương II); tự chủ về tổ chức bộ máy (Điều 11, Chương II); tự chủ về nhân sự (Điều 12, Chương II); tự chủ về quản lý, sử dụng tài sản (Điều 13, Chương II); việc chuyển đổi tổ chức KH&CN công lập thành công ty cổ phần (Điều 14, Chương II).

Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 1.8.2016 (Nghị định số 115/2005/NĐ-CP ngày 5.9.2005 và Điều 1 Nghị định số 96/2010/NĐ-CP ngày 20.9.2010 hết hiệu lực kể từ ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành).