Lắp ráp và chú giải hệ gen vi tảo biển dị dưỡng Schizochytrium mangrovei PQ6 của Việt Nam

Vi tảo biển dị dưỡng Schizochytrium mangrovei PQ6 là loài/chủng đặc hữu của Việt Nam được phân lập tại huyện đảo Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang. Loài vi tảo này có tiềm năng ứng dụng rất lớn để tổng hợp axit béo không bão hòa đa nối đôi (Polyunsaturated Fatty Acids-PUFAs), đặc biệt là axit docosahexaenoic (DHA; C226 n-3). Nhằm mục đích xây dựng và chú giải hệ gen, từ đó tìm ra những con đường trao đổi chất có liên quan đến quá trình tổng hợp axit béo và DHA, đề tài đã tiến hành giải trình tự, lắp ráp de novo và chú giải hệ gen loài vi tảo Schizochytrium mangrovei PQ6. Sử dụng thiết bị đọc trình tự thế hệ mới Illumina Miseq để giải trình tự ADN hệ gen của loài vi tảo biển này thu được 54200442 đoạn trình tự ngắn (reads). Trình tự thô được tiền xử lý rồi đem lắp ráp de novo và thu được hệ gen có kích thước khoảng 59,26 Mb với 2601 đoạn trình tự dài contigs với N50 là 59034 bp. Sau khi dự đoán gen, đã thu được 4128 mô hình gen, trong đó có 3970 gen có sự tương đồng trên cơ sở dữ liệu NR (non-reduntdant) và 2383 gen được chú giải chức năng trên cơ sở dữ liệu GO (Gene Othology). Trong số 16 gen liên quan đến quá trình tổng hợp axit béo tìm được, đã phát hiện có 4 gen liên quan đến quá trình sinh tổng hợp PUFAs. Các kết quả thu được nêu trên mới chỉ là những thông tin ban đầu về hệ gen S. mangrovei PQ6 nhưng có ý nghĩa quan trọng cho các nghiên cứu tiếp theo, đặc biệt liên quan đến quá trình tổng hợp PUFAs và DHA.