Chất lượng môi trường nền đáy sông Sài Gòn được đánh giá dựa trên phương pháp đường cong ABC của quần xã tuyến trùng sống tự do. Mẫu tuyến trùng sống tự do được thu thập trong trầm tích sông Sài Gòn theo mùa khô và mùa mưa năm 2014-2015 tại 12 vị trí từ Củ Chi xuống tới Cảng Dầu thực vật. Kết quả phân tích cho thấy, chất lượng môi trường nền đáy sông Sài Gòn không đồng nhất theo thời gian tại tất cả các vị trí khảo sát. Trong đó, một số khu vực bị ô nhiễm nặng hầu như trong cả 4 đợt, bao gồm Cảng Biển Đông, Cảng Bông Sen và Cảng Dầu thực vật. Các vị trí Cảng Tân Thuận Đông, Cảng Bến Nghé, Cảng Sài Gòn mới, Cảng Nhà máy đóng tàu biển Sài Gòn ô nhiễm nặng trong các tháng mùa mưa. Một số cảng khác ô nhiễm nhẹ như Cảng Bến Nghé, Cảng Công ty liên doanh phát triển tiếp vận số 1 - VICT, Cảng Sài Gòn mới, Cảng Nhà máy đóng tàu biển Sài Gòn trong các tháng mùa khô và Bến Dược huyện Củ Chi, Tân Cảng, Nhà máy đóng tàu Ba Son, Cảng Công ty liên doanh phát triển tiếp vận số 1 - VICT trong các tháng mùa mưa.