Hệ vi sinh vật đường ruột lợn là một môi trường phức hợp gồm các cộng đồng vi sinh vật sống trong đường ruột và đóng vai trò như một mô hình y sinh tuyệt vời cho bệnh tật ở người. Tuy nhiên, người ta biết rất ít về cách phân lập và nuôi cấy hệ vi sinh vật đường ruột lợn, một phần quan trọng để hiểu vai trò của hệ vi sinh vật trong chăn nuôi lợn.