Công nghệ giải trình tự hệ gen phiên mã tế bào đơn (scRNA-Seq) là phương pháp tiên tiến trong phân tích hệ gen phiên mã với độ phân giải cao, giúp xác định sự khác biệt phiên mã giữa các loại tế bào và làm rõ quá trình sinh trưởng, biệt hóa và đáp ứng với môi trường ở thực vật. Bài viết giới thiệu nguyên lý, quy trình thực hiện và ưu điểm vượt trội của scRNA-Seq so với RNA-Seq truyền thống, bao gồm khả năng phát hiện tế bào hiếm, theo dõi động lực học phiên mã theo thời gian và tích hợp với công nghệ giải trình tự không gian và đa ômics. Tuy nhiên, công nghệ scRNA-Seq vẫn gặp một số khó khăn trong phân tích tế bào đơn lẻ, có sai số trong xử lý RNA, đòi hỏi hệ gen tham chiếu có chất lượng tốt và chi phí thực hiện cao. Do vậy, định hướng áp dụng công nghệ scRNA-Seq bao gồm xây dựng atlas phiên mã tế bào đơn cho cây trồng, tối ưu hóa công nghệ và ứng dụng trong cải tiến giống cây trồng để nâng cao năng suất và khả năng chống chịu môi trường.