Trong suốt 40 năm xây dựng và phát triển (1978-2018), Viện Khoa học Thủy lợi miền Nam luôn đồng hành với sự nghiệp phát triển nông nghiệp, nông thôn, gắn với định hướng chiến lược phát triển thủy lợi ở các tỉnh phía Nam của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (NN&PTNT). Viện luôn là một trong những đơn vị tiên phong nghiên cứu, giải quyết những vấn đề phức tạp phát sinh trong thực tiễn và đã có nhiều đóng góp thiết thực vào sự nghiệp phát triển kinh tế - xã hội của các tỉnh phía Nam, đặc biệt là phát triển nông nghiệp, nông thôn vùng Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) - khu vực năng động và quan trọng bậc nhất đối với kinh tế, xã hội cả nước