Trong suốt chiều dài lịch sử 45 năm xây dựng và phát triển (1978-2023), Viện Khoa học Thủy lợi miền Nam luôn là một trong những đơn vị tiên phong nghiên cứu, giải quyết những vấn đề phức tạp phát sinh trong thực tiễn và đã có nhiều đóng góp thiết thực vào sự phát triển của ngành nông nghiệp và phát triển nông thôn (NN&PTNT) nói riêng, kinh tế - xã hội nói chung. Đặc biệt là sự phát triển nông nghiệp, nông thôn vùng Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) - khu vực năng động và quan trọng bậc nhất đối với kinh tế - xã hội cả nước. Với những đóng góp đó, Viện đã vinh dự nhận được nhiều phần thưởng cao quý như Huân chương Độc lập hạng Nhất, Nhì, Ba...