Tổ chức bộ máy của Sở KH&CN hiện nay gồm: Lãnh đạo Sở; 04 phòng chuyên môn (Văn phòng, Thanh tra, Phòng Kế hoạch - Quản lý khoa học, Phòng Quản lý công nghệ - An toàn bức xạ, hạt nhân - Sở hữu trí tuệ); 01 Chi cục (Chi cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng); 01 đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở (Trung tâm Thông tin và Ứng dụng tiến bộ KH&CN), 01 Trung tâm trực thuộc Chi cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng (Trung tâm Kỹ thuật Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng). Tổng biên chế của Sở là 55 người.