Trong một thập kỷ gần đây, cùng với sự phát triển của khoa học và công nghệ, việc giải trình tự gen và xây dựng bản đồ điểm đa hình đơn nucleotide (SNP) có độ phân giải cao đã làm sáng tỏ nhiều yếu tố di truyền ở nhiều loại cây trồng, đặc biệt là cây lúa (Oryza spp.). Đối với các tính trạng nông học phức tạp như năng suất, chất lượng, khả năng chống chịu của một quần thể lớn trên toàn hệ gen (GWAS - Genome Wide Association Study) là công cụ vô cùng hữu hiệu. GWAS cung cấp cái nhìn sâu sắc về các tính trạng nông học trong mối tương quan với kiểu gen, cho phép xác định một số lượng lớn các locus tính trạng số lượng (QTL) và gen tiềm năng cho các nghiên cứu tiếp theo. Tuy nhiên, khi ứng dụng GWAS trong các nghiên cứu tìm kiếm QTL và gen tiềm năng cũng đặt ra một số thách thức nhất định.