Ở thời điểm hiện tại, Quy chế khu công nghệ cao được ban hành theo Nghị định số 99/2003/NĐ-CP cũng như các văn bản khác có liên quan đã lỗi thời, có nhiều điểm không còn phù hợp và không theo kịp với thực tiễn phát triển của các khu công nghệ cao trong cả nước. Chính vị vậy, Bộ Khoa học và Công nghệ (KH&CN) đã được giao chủ trì xây dựng dự thảo nghị định mới về khu công nghệ cao thay thế cho một số văn bản không còn phù hợp. Bộ KH&CN đang lấy ý kiến góp ý cho dự thảo nghị định này.