Theo Quyết định số 593/QĐ-UB ngày 29.2.2008 của UBND tỉnh Nghệ An, Trung tâm Ứng dụng Tiến bộ Khoa học và Công nghệ (KH&CN) Nghệ An chuyển sang hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm. Qua thực tiễn hoạt động, bên cạnh những kết quả đạt được rất đáng khích lệ, Trung tâm cũng gặp phải không ít khó khăn, thách thức.