Kể từ khi đi vào hoạt động năm 2008, Quỹ Phát triển Khoa học và Công nghệ Quốc gia (NAFOSTED) đã từng bước chứng tỏ được hiệu quả đối với việc nâng cao chất lượng nghiên cứu, xây dựng đội ngũ các nhà khoa học đạt trình độ quốc tế. Tuy nhiên, bên cạnh những kết quả đã đạt được, vẫn còn những thách thức với NAFOSTED trong việc xây dựng và phát triển mô hình mới của cơ quan tài trợ, hỗ trợ hoạt động khoa học và công nghệ (KH&CN).