Viện Ứng dụng Công nghệ được thành lập theo Nghị định số 135/HĐBT ngày 16/10/1984 của Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ), với tên gọi ban đầu là Viện Nghiên cứu Công nghệ Quốc gia. Năm 1994, Viện được đổi tên thành Viện Ứng dụng Công nghệ trực thuộc Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường (nay là Bộ Khoa học và Công nghệ). Trải qua 40 năm xây dựng và phát triển, Viện đã thực hiện sứ mệnh nghiên cứu, ứng dụng và chuyển giao các công nghệ cao, công nghệ mới trong các lĩnh vực về công nghệ laser, quang điện tử, vi điện tử, công nghệ sinh học, vật liệu mới và công nghệ thông tin góp phần phát triển kinh tế - xã hội và đảm bảo an ninh - quốc phòng.