Chủ nhật, 25/09/2016 00:28
Tính năng lượng tự do gắn kết giữa LUSH và etanol bằng phương pháp động lực phân tử
Nguyễn Họa Mi* , Đặng Ứng Vận
*Tác giả liên hệ: Email: minguyenhoa@gmail.com
Trung tâm Ứng dụng tin trong hoá học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội
Ngày nhận bài: 25/12/2015; ngày chuyển phản biện: 31/12/2015; ngày nhận phản biện: 21/01/2016; ngày chấp nhận đăng: 25/03/2016
Tóm tắt:
Bài báo công bố các tính toán năng lượng tự do liên kết giữa etanol và protein LUSH trong dung dịch nước bằng phương pháp động lực phân tử với phần mềm GROMACS4.0 theo quy trình tính của nhóm Dill. Các tính toán năng lượng tự do gắn kết giữa etanol và LUSH sử dụng mô hình tương tác của Lennard-Jones, trường lực OPLS-AA và mô hình của nước là TIP3P. Các giá trị năng lượng tự do hydrat hóa etanol được so sánh với thực nghiệm.
Từ khóa:
etanol, phương pháp động lực phân tử, protein LUSH.
Binding free - energy calculation of ethanol on protein lush in water by molecular dynamics
Received: 25 December 2015; accepted: 25 March 2016
Abstract:
The paper deals with molecular dynamics for calculation of binding free - energy of ethanol on protein LUSH in water by GROMACS software and following the Dillgroup calculation procedure. The authors calculated the free energy for turning off the Lennard-Jones interactions of ethanol represented with the OPLS-AA force field in TIP3P water model. They achieved a high degree of statistical precision in molecular dynamic simulations, and by thermodynamic intergration method, the deviation of calculated free energy of ethanol hydration was about 0.02-0.60 kcal/mol from the experimental hydration free energy measurements. The calculated binding free energy of ethanol on protein LUSH in water is in a reasonable correspondence with experimental data.
Keywords:
etanol, molecular dynamics, protein LUSH.
Classification number:
1.4