Thứ hai, 25/02/2019 00:44
Số 2 năm 201961 - 64Download

Nghiên cứu đa dạng di truyền của đoạn gen matK ở một số nguồn gen nhãn Việt Nam

Nguyễn Thị Ngọc Lan1*, Nguyễn Thị Lan Hoa2 , Nguyễn Thị Thanh Thủy3 , Lã Tuấn Nghĩa2

*Tác giả liên hệ: Email: ngoclanvdt@yahoo.com

1 Viện Di truyền Nông nghiệp

2 Trung tâm Tài nguyên Thực vật

3 Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn

Ngày nhận bài: 18/09/2018; ngày chuyển phản biện: 20/09/2018; ngày nhận phản biện: 12/11/2018; ngày chấp nhận đăng: 15/11/2018

Tóm tắt:

Kết quả nghiên cứu đa dạng trình tự đoạn gen matK gồm 829 nucleotid của tập đoàn 31 mẫu giống nhãn Việt Nam đã xác định được đột biến dị hoán (T>G) tại vị trí 939 của gen ở 11 giống (N10 - Nhãn Bản Nguyên, N14 - Long Gia Sần, N16 - Tiêu Vũng Tàu, N17 - Tiêu Da Me, N19 - Nhãn Sài Gòn, N22 - Cơm Vàng Bánh Xe, N26 - Xuồng Cơm Ráo, N28 - Long Tiêu, N29 - Xuồng Cơm Vàng Bà Rịa, N30 - Xuồng Cơm Trắng và N32 - Nhãn Vũng Tàu). Những đột biến này có ý nghĩa trong việc nhận dạng các mẫu giống nhãn của nước ta. Các trình tự này đã được đăng ký NCBI với số đăng ký lần lượt là: KR073235, KR073239, KR073240, KR073241, KR073243, KR073245, KR073249, KR073251, KR073252, KR073253 và KR073255. Kết quả nghiên cứu cây phả hệ theo phương pháp Neighbour Joining cho thấy, các trình tự của chi Dimocarpus được nhóm thành công và phân biệt rõ ràng với trình tự của chi Litchi, Arytera, Sapindoidaea và Cupaniopsis trong họ Sapindaceae. 11 trình tự nhãn (N10, N14, N16, N17, N19, N22, N26, N28, N29, N30, N32) được tách biệt rõ ràng với các trình tự của nhãn Việt Nam và các nguồn gen đại diện khác.

Từ khóa:

ADN mã vạch, giải trình tự, matK, nhãn

Chỉ số phân loại:
4.6

Genetic diversity of matK gene in Vietnam’s longan germplasm

Thi Ngoc Lan Nguyen1*, Thi Lan Hoa Nguyen2 , Thi Thanh Thuy Nguyen3 , Tuan Nghia La2

1 Agricultural Genetics Insitute

2 Plant Resources Center

3 Ministry of Agriculture and Rural Development

Received: 18 September 2018; accepted: 15 November 2018

Abstract:

The genetic diversity survey on the matK gene segment of 829 nucleotides among 31 Vietnam’s longan samples has identified tranversition mutation (T>G) at the 939 downstream position of the sequences in 11 longan samples, which might be the molecular identification to distinguish Vietnam longan varieties with others. These matK nucleotide sequences have been registered with NCBI codes (KR073235- Ban Nguyen, KR073239- Long Gia San, KR073240- Tieu Vung Tau, KR073241- Tieu Da Me, KR073243- Nhan Sai Gon, KR073245- Com Vang Banh Xe, KR073249- Xuong Com Rao, KR073251- Long Tieu, KR073252- Xuong Com Vang Ba Ria, KR073253- Xuong Com Trang and KR073255- Nhan Vung Tau). The phylogenetic tree analysed by the Neighbour Joining method based on the 829 nucleotides of matK gene has exactly grouped all surveyed sequences. In addition, this analysis has also clearly separated the Dimocarpus and the Litchi, Arytera, Sapindoidaea, and Cupaniops is in Sapindaceae. Eleven longan sequences (N10, N14, N16, N17, N19, N22, N26, N28, N29, N30, N32) have been distinguished with the Vietnam’s longan and other reference sequences.

Keywords:

Dimocarpus longan, DNA barcode, matK, sequencing

Classification number:
4.6
Lượt dowload: 448 Lượt xem: 1126

Đánh giá

X
(Di chuột vào ngôi sao để chọn điểm)
Chấm điểm