Thứ tư, 25/09/2019 00:27
Số 9 năm 201960 - 64Download

Dự đoán cơ chế lặp của họ gen mã hóa protein vận chuyển đường sucrose ở loài đậu gà (Cicer arietinum)

Chu Đức Hà1*, Chu Thị Bích Thủy1, 2, Phạm Thị Lý Thu1 , Phạm Phương Thu2 , La Việt Hồng2

*Tác giả liên hệ: Email: hachu_amser@yahoo.com

1 Viện Di truyền nông nghiệp, VAAS

2 Khoa Sinh - Kỹ thuật nông nghiệp, Trường Đại học Sư phạm Hà Nội 2

Ngày nhận bài: 18/03/2019; ngày chuyển phản biện: 22/03/2019; ngày nhận phản biện: 02/05/2019; ngày chấp nhận đăng: 03/06/2019

Tóm tắt:

Ở thực vật, SWEET (sugars will eventually be exported transporter) là họ protein vận chuyển đường sucrose đóng vai trò quan trọng, tham gia vào nhiều quá trình sinh học thiết yếu trong tế bào. Trong nghiên cứu này, hiện tượng lặp của họ gen mã hóa SWEET ở cây đậu gà (Cicer arietinum) đã được phân tích thông qua các công cụ tin sinh học. Kết quả đã xác định được 6 sự kiện lặp trong họ gen CaSWEET ở đậu gà. 3/6 cặp gen lặp đều nằm trên các nhiễm sắc thể khác nhau, cho thấy hiện tượng lặp trên các vùng lớn của nhiễm sắc thể là cơ chế chính để nhân rộng họ gen CaSWEET tương tự như các loài thực vật khác. Phân tích cũng đã dự đoán rằng, sự sai khác trong cấu trúc của các gen lặp đã bị kìm hãm dưới áp lực của chọn lọc tự nhiên. Các sự kiện lặp được tính toán một cách tương đối xảy ra cách đây từ 23,06 đến 38,31 triệu năm trước. Vùng bảo thủ của họ CaSWEET đặc trưng bởi 7 domain TM và 7 trình tự motif. Kết quả của nghiên cứu đã cung cấp những dẫn liệu quan trọng về sự nhân rộng của họ gen CaSWEET, từ đó có thể đưa ra các giả thuyết về vai trò của các gen lặp đối với loài đậu gà.

Từ khóa:

đậu gà, lặp gen, SWEET, tin sinh học.

Chỉ số phân loại:
4.6

Prediction of the gene duplication mechanism in the genes encoding sucrose transporters in chickpea (Cicer arietinum)

Duc Ha Chu1*, Thi Bich Thuy Chu1, 2, Thi Ly Thu Pham1 , Phuong Thu Pham2 , Viet Hong La2

1 Agricultural Genetics Institute (VAAS)

2 Faculty of Biology - Agricultural Technology, Hanoi Pedagogical University 2

Received: 18 March 2019; accepted: 3 June 2019

Abstract:

In plants, SWEETs (sugars will eventually be exported transporters) are known as the major sucrose transporters that involve in various important biological processes. In this study, the gene duplication of the gene family encoding SWEETs in chickpea (Cicer arietinum) has been analysed based on the bioinformatics approach. As the results, a total of six duplication events occurring in the CaSWEET gene family in chickpea has been determined. Three (out of six) duplicated pairs were distributed on the distinct chromosomes, suggesting that the segmental duplication is considered as the major reason to explain the expansion of the CaSWEET gene family, as confirmed in many plant species. Our results also predicted that the purifying selection was appeared to maintain the preservation of SWEET proteins. These duplication events were calculated to approximately occur from 23.06 to 38.31 million years ago. Additionally, the conserved domain of CaSWEET consisted of seven TM units and seven specific motifs. Our study would provide a critical understanding of the expansion of CaSWEET genes, this could suggest the role of duplicated genes in chickpea plants.

Keywords:

bioinformatics, chickpea, gene duplication, SWEET.

Classification number:
4.6
Lượt dowload: 494 Lượt xem: 1489

Đánh giá

X
(Di chuột vào ngôi sao để chọn điểm)
Chấm điểm