Mục đích của nghiên cứu này nhằm xác định sự lưu hành và đặc tính di truyền của virus cúm gia cầm A/H5N6 tại 5 tỉnh biên giới phía Bắc. Nghiên cứu đã tiến hành thu thập 15.248 mẫu swab và 2.830 mẫu nội tạng gà, vịt, ngan, chim cút tại một số chợ bán gia cầm sống ở 5 tỉnh Quảng Ninh, Lạng Sơn, Lào Cai, Lai Châu và Cao Bằng. Bằng phương pháp Realtime RT-PCR, những mẫu dương tính với virus cúm typ A được kiểm tra subtyp H5 và N6, sau đó giải trình tự mẫu dương tính với subtyp H5 và N6 bằng máy giải trình tự Beckman Coulter CEQ 8000, tiếp theo xây dựng cây sinh học phân tử của các chủng virus cúm A/H5N6. Kết quả cho thấy, các mẫu swab gà, vịt, ngan và chim cút tại cả 5 tỉnh nghiên cứu với tỷ lệ dương tính chung là 5,79%. Còn với mẫu nội tạng dương tính chiếm tỷ lệ thấp hơn là 2,05%. Mẫu nội tạng có tỷ lệ dương tính với virus cúm A/H5N6 thấp hơn (2,05%). Lựa chọn giải trình tự nucleotide 10 chủng virus cúm A/H5N6, kết quả phân tích nguồn gốc phát sinh loài cho thấy 10 chủng virus mang đoạn gen H5 đều thuộc clade 2.3.4.4 và nằm trong nhánh phát sinh cùng với chủng virus cúm A/H5N6 phân lập được ở Lào năm 2014 và chủng virus cúm A/H5N6 phân lập ở Trung Quốc năm 2013-2014. 10 chủng virus cúm mang đoạn gen N6 nằm trong cùng dòng Á - Âu (Euransian lineage). Trong đó, 5 chủng virus cúm nằm cùng nhánh phát sinh với chủng virus cúm A/H5N6 phân lập ở Lào và Trung Quốc năm 2014. Các chủng virus còn lại nằm cùng nhánh phát sinh với một số chủng virus cúm A/H5N6 và H6N6 phân lập ở Việt Nam năm 2011-2014. Những kết quả này có ý nghĩa quan trọng đối với công tác dự báo nguy cơ xảy ra bệnh cúm gia cầm A/H5N6 tại khu vực nghiên cứu.