Thứ tư, 25/03/2015 00:58
Số 3 năm 201533 - 37Download

Xác định và phân nhóm các chủng virus gây hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp ở lợn phân lập tại Việt Nam

Lương Nhân Tuấn1, Lưu Quang Minh1, Trần Xuân Toàn1, Phạm Thị Phương Mai1, Trần Xuân Hoàn1, Đỗ Thị Hoa2

 

1 Phòng thí nghiệm trọng điểm công nghệ tế bào động vật, Viện Chăn nuôi

2 Trung tâm Chẩn đoán thú y Trung ương

 

Ngày nhận bài: 01/01/0001; ngày chuyển phản biện: 01/01/0001; ngày nhận phản biện: 01/01/0001; ngày chấp nhận đăng: 01/01/0001

Tóm tắt:

Trong nghiên cứu này, 24 mẫu virus gây hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp ở lợn (PRRSV) phân lập từ 16 tỉnh ở Việt Nam năm 2013 được điều tra và mối quan hệ phát sinh loài của những virus này được xây dựng dựa trên trình tự axit amin của hai gen ORF5 và Nsp2. Kết quả giải trình tự các gen trên cho thấy có sự biến đổi lớn khi so sánh với trình tự trên chủng 07/QN (Genbank code: FJ394029.1) phân lập ở tỉnh Quảng Nam. Mức độ tương đồng các trình tự axit amin được mã hóa từ trình tự nucleotide nêu trên giữa 24 mẫu virus phân lập với chủng 07/QN cũng được phân tích và đã phát hiện 19 vị trí thay đổi trên gen ORF5 và 66 vị trí thay đổi trên gen Nsp2. Đặc biệt, 3 mẫu phân lập VN/QT-2013, VN/NA-2013, VN/ND-2013 được phát hiện mất đi 3 axit amin liên tiếp tại các vị trí 869, 870 và 871. Phân tích mối quan hệ phát sinh loài đã chỉ ra tất cả các mẫu phân lập được đều thuộc nhóm II (biến thể Bắc Mỹ) và chúng có độ tương đồng rất cao với các chủng PRRSV phân lập tại Trung Quốc.

Từ khóa:

gen ORF5 và Nsp2, giải trình tự, PRRSV, RT-PCR, virus.

 

Chỉ số phân loại:
4.3

PHYLOGENETIC RELATIONSHIP OF THE PORCINE REPRODUCTIVE AND RESPIRATORY SYNDROME VIRUSES (PRRSV) ISOLATED IN VIETNAM

Received: 1 January 1; accepted: 1 January 1

Abstract:
In this study, 24 porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) samples isolated from 16 provinces in Vietnam in 2013 were investigated, and the phylogenetic relationship of these viruses was constructed based on the amino acid sequences of ORF5 and Nsp2 genes. The sequencing results of these genes indicated the high variation compared to the sequence of 07/QN strain (Genbank code: FJ394029.1) isolated in Quang Nam province. The identity of amino acid sequences deducted from the nucleotide sequences between the 24 isolates and 07/ QN strain was also analysed; 19 variations in ORF5 gene and 66 variations in Nsp2 gene were found. Especially, three isolates VN/ QT-2013, VN/NA-2013, and VN/ND-2013 were found to possess three-continuous amino
acid deletions (869-871) within Nsp2 gene. Phylogenetic analyses based on the ORF5 and Nsp2 amino acids indicated that all these isolates were grouped into PRRSV type II (North American genotype) and they were highly similar to PRRSV strains isolated in China.
 
 
Keywords:
KORF5 and Nsp2 genes, PRRSV, RT-PCR, sequencing, virus.
Classification number:
4.3
Lượt dowload: 293 Lượt xem: 856

Đánh giá

X
(Di chuột vào ngôi sao để chọn điểm)
Chấm điểm