Metagenomics (nghiên cứu đa hệ gen) đã tạo nên những tiến bộ vượt bậc trong việc nghiên cứu về sinh thái học, tiến hóa và đa dạng vi sinh vật. Đây là định hướng nghiên cứu mới, quan trọng đã trở thành chiến lược trong phát triển kinh tế bền vững, an ninh quốc phòng, bảo vệ sức khỏe và môi trường của nhiều quốc gia trên thế giới. Ở Việt Nam, metagenomics bước đầu được triển khai để giải các bài toán có tính chất tổng thể, nhằm xây dựng cơ sở dữ liệu về đa dạng sinh học của các hệ vi sinh vật có giá trị.