Hiện nay, hoạt động chăn nuôi gây ra nguy cơ ô nhiễm môi trường do phát sinh chất hữu cơ, vi khuẩn và các chất thải khác. Trong quá trình phân hủy sinh học của phân gia súc và vật nuôi, chất hữu cơ bị phân hủy tạo ra khí CH4 cao, gây nên khí độc giải phóng ra môi trường. Do đó, chất thải chăn nuôi cần được quản lý và xử lý đúng cách, áp dụng các công nghệ như bể phân hủy sinh học, sản xuất khí sinh học và thu hồi nitơ, phốt pho và kali (NPK) để làm phân bón sinh học.