Viện Sinh thái và Bảo vệ công trình (Viện Khoa học Thủy lợi Việt Nam) được thành lập ngày 17/11/2009 theo Quyết định số 3318/QĐ-BNN-TCCB của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn. Tiền thân của Viện là Trung tâm Nghiên cứu Phòng trừ Mối được thành lập năm 1987.